Nato a Venezia, chierico regolare della Congregazione Somasca, Giannantonio Baldi (o Baldo), teologo ed erudito, fu eletto vescovo di Chioggia da papa Clemente IX e consacrato il 15 luglio 1669; la cittadinanza gli fece omaggio di 150 once di argento lavorato e di due miri d'olio l'anno. Il Baldi ebbe il privilegio di consacrare l'attuale Cattedrale: la ceerimonia avvenne il 27 maggio 1674, come si legge nella lapide posta sulla parete del coro in cornu Evangelii. Eresse le parrocchie di Rosolina (1670) e di Fasana (1674). Promosse pure (1677) la costruzione del grandioso pulpito marmoreo della stessa Cattedrale, opera egli scultori Bartolo Cavalieri e Domenico Negri, come è ricordato nella iscrizione del pannaggio tra le due cariatidi; l'opera, tuttavia, fu ultimata 42 anni dopo nel 1719, sotto l'episcopato di mons. Soffietti.
Non potè indire il Sinodo perché fu colpito da malattia, che lo condusse alla morte l'8 ottobre 1679; fu sepolto in Cattedrale presso l'altare di Maria Assunta. Dopo la morte del Baldi, la sede episcopale clodiense rimase vacante per circa 5 anni, durante i quali la diocesi fu retta dapprima dal can. Decano Eliseo Nordio, quindi nel 1684 dall'arciprete Antonio Grassi, che nel 1696 divenne vescovo di Chioggia, il quale eresse le parrocchie di Ca' Venier e di Villaregia, smembrandole da quelle di Contarina. Nello stesso anno si diede inizio allla costruzione del ponte di Vigo di Chioggia. La vacanza fu dovuta probabilmente alle vicende colegate alla guerra col Turco (1680- 84).