Nato nel 1556 a Venezia, Lorenzo Prezzato si addottorò a Padova e come sacerdote operò nella Curia del Patriarcato; passato a Roma, fu nominato Prelato Referendario delle due Segnature. Promosso da Clemente VIII nel 1601 vescovo di Chioggia, fu da lui consacrato lo stesso anno.
Fu uno dei più attivi e vigorosi vescovi clodiensi. Riordinò la Curia, raccogliendo gli atti dei vari uffici che erano dispersi, riunendoli in 32 volumi manoscritti e corredandoli di indicazioni e repertorio. Da allora ha inizio la data ufficiale dell'Archivio curiale, di cui il Prezzato può dirsi il fondatore; ordinò pure l'Archivio Capitolare; stabilì l'uniformità delle prebende per i Canonici ed eresse in terza dignità del Capitolo l'arciprete (1603). Indisse e attuò il 7° Sinodo diocesano, stabilendo l'ufficio di penitenziere, l'obbligo del Rituale Romano e l'uniformità del calendario per la recita del Breviario. Regolò il cerimoniale delle funzioni religiose, stabilendo un posto separato per il podestà, che prima sedeva accanto al vescovo, il suono delle campane per l'Angelus e il Coro e decise di multare il campanaro indolente che per sua colpa avesse lasciato spegnere la lampada del SS. Sacramento. Queste innovazioni (cfr. Liber Jurium, pag. 62) gli procurarono contestazioni e ostacoli da parte del Capitolo, appianati con una convenzione nel luglio 1603, dopo trattative con la S. Sede. Nel 1608 istituì la Confraternita della SS.ma Trinità di Loreo e rifece il processo canonico in occasione del primo centenario della Madonna della Navicella, facendo costruire l'altare del Sansovino tuttora visibile nella chiesa di Sottomarina. Fece edificare il cosiddetto Conservatorio delle Zitelle. L'ultima sua opera fu lo scoprimento delle reliquie dei SS. Patroni, già tentato dai predecessori Nacchianti, Negri e Medici. Fu effettuato dal Prezzato nella festa della SS.ma Trinità del 1608 alla presenza del can. Pietro Morari e degli altri Canonici; rimosso il coperchio della mensa dell'altare dedicato ai SS. Martiri, si scoprirono, entro una cassa di marmo coperta di un graticcio di ferro, sopra un tessuto di stoffa rossa, lo scheletro di S. Felice e il capo di S. Fortunato, addirittura macchiato di sangue coagulato. Furono pure ritrovate tre lamine di piombo e una quantità di monete d'oro e d'argento, poste a ricordo dei precedenti trasporti oltre ad un'altra cassa con ossa di martiri e al reliquiario della manna. Il tutto venne raccolto in una cassa di cipresso e provvisoriamente collocato nel tesoro della cattedrale in attesa della costruzione di una nuova urna da sistemare sopra l'altare della cappella. Non poté il vescovo Prezzato vedere compiuta l'opera, perché morì a Venezia il 29 ottobre 1610. Il suo nome figura in alcune lapidi sparse in vari edifici religiosi della città.