Di Francesco Pisani, patrizio veneto, non si hanno molte notizie biografiche.

Fu Arcivescovo di Nascia nell'Arcipelago, ma non si portò mai alla sede. Fu eletto vescovo di Chioggia da papa Pio V il 29 luglio 1569 e da Roma, dove si trovava quando fu eletto alla sede clodiense, delegò Andrea Marcello, sacerdote veneziano, a prenderne possesso per procura. Fece l'ingresso ufficiale la domenica 5 marzo 1570. Compì la visita pastorale, provvide a dirimere alcune vertenze non risolte dal suo predecessore (Jacopo Nacchianti) e l'anno seguente fu colto dalla morte a Venezia l'8 febbraio 1571. Fu sepolto l'11 in una giornata burrascosa con vento e neve.

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