Nato nel 1536, figlio di un celebre avvocato fiorentino che dovette lasciare la città in seguito a gravi controversie avute con la potente famiglia de' Medici, Ippolito Aldobrandini poté proseguire i suoi studi di diritto grazie all'appoggio del cardinale Alessandro Farnese. Nominato da Pio V avvocato concistoriale e, più tardi, uditore della Sacra Rota, fu ordinato prete solo alla fine del 1580. Dodici anni dopo veniva eletto pontefice a conclusione di un agitato conclave durato sedici mesi.

Uomo pio e austero, fu grande amico di san Filippo Neri, l'"Apostolo della città di Roma" e si circondò di eminenti figure, tra cui san Roberto Bellarmino, uno dei più importanti e abili teologi della Chiesa cattolica nel suo conflitto con il protestantesimo, e san Francesco di sales, al quale Clemente VIII affidò la difficile diocesi di Ginevra.

Difensore dell'ortodossia, si impegnò affinché fossero adottati tutti i decreti del Concilio di Trento.

Nel 1592, fece pubblicare un'edizione corretta della Vulgata di Sisto V che costituì il testo ufficiale della Chiesa cattolica sino ai giorni nostri. Nello stesso anno introdusse in tutte le chiese romane la preghiera delle quarant'ore per celebrare il riposo del Signore Gesù Cristo nel sepolcro.

Nel 1596 pubblicò un nuovo Index librorum prohibitorum, che includeva tra l'altro numerosi testi ebraici.

Nonostante il suo grande impegno e l'importante attività missionaria da lui promossa, le sue speranze di ristabilire il cattolicesimo in Gran Bretagna e in Svezia andarono deluse.

L'opera della Controriforma dava però i suoi frutti come testimoniò il solenne Giubileo del 1600: il 31 dicembre 1599 più di 80.000 persone assistettero all'apertura della Porta Santa e milioni di pellegrini giunsero quell'anno a Roma.

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